根管治疗无法保证百分之百完全成功，因为根管系统就像地下水道般错纵复杂，有些根管可能钙化、阻塞等，有些人还有畸形的牙根尖，很难完全清除干淨，而且有些细菌会和人共存，等到老化、免疫力变差，细菌就会再作怪。
每次听到魔音般的磨牙、锉刀锉著牙齿的声音，张伯伯就害怕，直说不敢继续做根管治疗了。最近他突然觉得装著假牙的牙齿疼痛，医师说是牙神经发炎，要做根管治疗，「明明10多年前做过了！」张伯伯说，以前根管治疗只要一次就好了，为什么现在医师说要做好次，是现在的医师技术比较差吗？
医师解释：「因为以前是用俗称『砒霜』的砷化合物把神经『毒』死，而现在是要把发炎的牙神经，从牙髓腔中完全清除干淨，再填封起来，不让细菌再度破坏牙齿。因为牙根神经错纵复杂，一定要确认所有感染部位都清除掉才能治好，所以，要分很多次，有些甚至可能要治疗4～8次。」
过去用毒杀死牙神经的治疗方式，危险性在于这些毒物的穿透性非常强，如果不小心，毒物可能会渗透到骨头，造成骨头坏死，所以，医师都会叮嘱患者：「明天一定要来换药。」
因为如果没有及时换药的话，骨头可能坏死，虽然后来再使用的药剂毒性比较低，但因牙髓神经是连接到骨头的，有毒药剂仍会对齿颚等骨头造成破坏。现在的正统根管治疗不再使用毒药，而是真的「抽」神经。
至于为什么根管治疗要分很多次？因为根管治疗不单是把牙神经、血管及淋巴管等都抽除，还包括牙髓腔开扩、清除牙髓组织，还要进行根管扩大及冲洗，要把牙髓裡所有被细菌感染的部分全都清除，之后再进行根管塑形，再塞一些药剂如次氯酸钠等进行杀菌。等根管清除干淨，没有渗漏脓液等之后，就可进行根管封填，现在主要是充填马来胶，让牙髓腔内不再有细菌破坏，再利用病人自身的免疫能力来治癒。
至于要分很多次来进行，是因为很多人的牙髓神经比较複杂，有些人的神经有很多分枝，想要完全清除干淨，必须再三于X光下确定治疗深度是否足够？是否可完全清除干淨，才能放入药物，把神经和细菌都融掉，之后再封起来，等到再下一次的疗程确定完全清除了，才可以封填起来，接受补缀等治疗。
哪些情况要做根管治疗？
除了引起牙痛的牙髓发炎外，林政毅说，还有很多情况即使没有蛀牙，也要进行根管治疗：
◆牙齿外伤
根据统计，14岁以下约有20％的人曾发生过牙齿外伤，如果牙髓组织受破坏，必须进行根管治疗，才可以保住牙齿。
◆牙周病
统计显示，40岁以上成人有9成患有牙周病，牙周病不仅会影响牙周健康，牙周病的细菌也可能破坏牙髓，造成牙齿破坏。
很多人喜欢咳瓜子、吃甘蔗、咬骨头等硬物，长期下来，会造成牙齿外部珐琅质磨耗，严重时还会造成牙本质外露而引起疼痛，有时也需要进行根管治疗以减少疼痛。
◆刷牙太用力导致牙根外露
很多人刷牙时施力过大，可能造成牙齿齿颈部与牙龈受损，导致牙根外露引起疼痛，必要时，需接受根管治疗。
◆牙齿发育异常
某些人的牙齿型态发育异常，如上下颚小臼齿常见的「中央牙阜」，也就是牙齿的咬合面中间长得突出的珐琅质结构，长期或是意外造成上下牙对磨时，中央牙阜部位的结构破坏，导致此处神经外露而引起疼痛，也必须根管治疗。
◆牙根太短造成牙龈萎缩
有些人的牙齿虽然耗损或是牙根剩太短而无法使用，但因为拔牙后往往很快会造成牙龈萎缩，甚至连骨头都会退化，所以，医师有时会蓄意做根管治疗以保留牙根，以矫正方式朝口腔方向强制拉出，以增加牙龈与骨头的厚度（牙根强迫萌出术），如此，可增进之后做假牙或是植牙的美观与耐用性。
根管治疗无法保证100%完全成功
许多人曾做过根管治疗的牙齿居然又痛了，怀疑当年的医疗不当。林政毅说，根管治疗无法保证百分之百完全成功，因为我们的根管系统就像地下水道错纵複杂，有些根管可能钙化、阻塞、弯曲、变异等，有些人还有畸形的牙根尖，很难完全清除干淨，而且有些细菌会和人共存，等到人老化、免疫力变差，细菌就会又再作怪。
可能治疗多年之后，又再发生牙根尖脓肿发炎，所以，还要再次进行根管治疗，再次清创、消毒及完整封填，多数可以补救得很好，但如果有些情况无法清除者，则可能要做牙根尖手术才能治疗。
而做完根管治疗装上假牙后，可不要以为假牙不怕蛀牙，不用担心了，其实根管治疗后的牙齿因为丧失较多的齿质，而且牙齿失去了牙髓的营养和水分供应，往往会变得比较容易脆裂，所以，之后不能再咀嚼比较坚硬或是韧性太高的食物，以免造成牙齿或牙根断裂。
医技日新月异，别害怕根管治疗
很多人一听到钻牙齿的声音就害怕，甚至根管治疗做到一半，牙齿不痛了就不治疗，其实现在的根管治疗有新利器，可以利用电脑断层、超音波等进行检测，手动锉刀也进化到新型的镍钛根管治疗器，先进的诊所还配有超音波骨刀，以及显微镜手术的方式。
牙根尖手术的部分更是结合骨粉再生膜等再生医疗技术，治疗成功率更高，虽然这些新进技术、材料、仪器都需要自费，但若是可以及早在发现牙痛或是趁牙齿被破坏较少时就赶快进行治疗，那么只需要几次治疗或是补牙就好，不必担心要到根管治疗的程度或是再花大钱做假牙。
根管治疗后，一定要做牙套？
多数进行根管治疗后的患者，都会被建议要做牙冠，也就是假牙（牙套），这是因为很多国人怕看牙，所以，需要进行根管治疗的牙齿，通常已有较大范围的龋蛀或裂损到牙髓腔，因此，才会被建议要做假牙，不但可以恢复咬合功能，并能进一步防止细菌侵入，再破坏牙髓腔。如果进行根管治疗时，对牙齿的破坏度不大的话，或发生在前牙，则可以不做假牙。